Zu Boudry gehören die Siedlungen Areuse (446 m ü. M.) nördlich der Areuse am Rand des Schwemmfächers, Grandchamp (440 m ü. M.) auf dem Schwemmfächer, Perreux (510 m ü. M.) am Ostfuss der Montagne de Boudry, Trois-Rods (515 m ü. M.) und der untere Teil von Chambrelien (630 m ü. M.) am Jurasüdhang sowie Champ du Moulin-Dessous (617 m ü. M.) im Durchbruchstal der Areuse. Nachbargemeinden von Boudry sind Cortaillod, Bevaix, Gorgier, Val-de-Travers, Rochefort und Milvignes.

Die Fläche des 16.8 km² grossen Gemeindegebiets umfasst den unteren Abschnitt des Areusetals. Im Osten reicht der Gemeindeboden in einem schmalen Streifen bis an den Neuenburgersee (Port de Boudry) und umfasst dort den nördlich der Areuse gelegenen Teil des flachen Aufschüttungsfächers. Im Bereich von Boudry ist die Areuse und ihr linker Seitenbach, der Merdasson, in eine mergelige Hangfussebene eingetieft. Nordwestlich von Boudry befinden sich die Gorges de l'Areuse, eine tiefe Schlucht im Durchbruchstal der Areuse durch die vorderste Jurakette. Zum Gemeindegebiet gehören hier die dicht bewaldete steile Talflanke südlich der Areuse (Côte du Champ du Moulin und Grande Côte). Die Grenze verläuft über die Montagne de Boudry, wo auf dem Signal du Lessy mit 1'387 m ü. M. der höchste Punkt der Gemeinde erreicht wird. Von der Gemeindefläche entfielen 1997 11 % auf Siedlungen, 63 % auf Wald und Gehölze, 24 % auf Landwirtschaft und etwas weniger als 2 % war unproduktives Land.